Центральная акцизная таможня была создана в соответствии с приказом Государственного таможенного комитета  Российской Федерации 5 мая 1997 года. Позднее, приказом Государственного таможенного комитета  Российской Федерации Центральная акцизная таможня была подчинена Центральному таможенному управлению, а в сентябре 2006 года передана в непосредственное подчинение Федеральной таможенной службы России.

     Приоритетными направлениями в деятельности таможни  является совершенствование таможенного администрирования, повышение эффективности выполнения фискальной и правоохранительной функций таможенной службы, дальнейшем совершенствовании структуры и инфраструктуры таможни, выполнение контрольных показателей эффективности деятельности.

       В 2013 году сумма перечисленных Центральной акцизной таможней в доход федерального бюджета таможенных и иных платежей составила 512,4 млрд. рублей, оформлено более 228 тысяч деклараций на товар, из них 92 % - по ввозимым товарам. Таможенными постами оформлено более 926 тысяч бланков паспортов транспортных средств и более 12 тысяч бланков паспортов шасси транспортных средств, произведено оформление более 111 тысяч паспортов самоходных машин. Доля деклараций на товар, выпущенных в электронном виде с использованием «Интернет» на конец 2013 года составила 99,73 %. Было выдано 717 миллионов штук акцизных марок на алкогольную продукцию  и  144 миллиона штук на табачную продукцию.

      Неоценимый вклад в достижении поставленных задач вносит коллектив таможни, заслуги которого нельзя переоценить.